十三世纪（1273年）神圣罗马帝国时代，哈布斯堡家族的鲁道夫一世被选举成为神圣罗马帝国皇帝，继位后的鲁道夫一世致力于扩大王权和家族势力，瑞士各个自由领的自主性受到严重的威胁，在哈布斯堡王朝的强大压力下，1291年8月，瑞士的三个谷地共同体：乌里、施维茨和翁特瓦尔登签订了三州同盟协定。这时候就已经决定使用红底白十字的国旗。但是在成立联邦时决定在红底上画上四个大小相同的十字架，后来在1889年又修改成今日的形式。