海军军舰上的彩色旗帜是海军部队用于识别、通信、礼仪等各种专用旗帜的统称。主要在舰艇 、船只上使用 ，一般包括海军旗、舰首旗、各级主官旗、长旒旗和通信旗等。
海军军舰上的彩色旗帜，又称舰尾旗，是识别海军舰艇、船只所属国籍的标志。许多国家的海军旗与国旗相似，有些则完全不同，有些是以国旗或军旗代海军旗。海军旗的悬挂方法：水面舰艇停泊时，挂于舰尾旗杆；航行时单桅舰挂于桅杆斜桁，双桅舰挂于后桅杆斜桁；潜艇在水面航行和停泊时挂于舰桥后部旗杆。通常晨8时升旗，日落降旗。作战时，所有舰艇不论昼夜均悬挂海军旗。
舰首旗，是悬挂在军舰舰首旗杆上的一种海军专用旗通常为海军旗，有些国家有特制的舰首旗。三级以上军舰在停泊时，每日升降舰尾旗的同时，升降舰首旗。 各级主官旗，是表示国家武装力量高级将领、海军各级主官职位的旗帜。通常设有：国家武装力量最高统帅旗、国防部长旗、武装力量总参谋长旗、海军司令旗、舰队司令旗、舰艇编队司令旗、海军将官旗等主官旗。一般悬挂于舰艇主桅顶，表示有相应职务的主官登上该舰。舰艇编队中升挂主官旗的军舰为编队指挥舰。
长旒旗，是一种悬挂在舰艇桅杆上、尾端分叉的长条旗，用于表示舰艇在役的海军专用旗，又称舰艇服役旗。悬挂长旒旗，表明舰艇在航。当有主官旗的首长登舰时，升起主官旗，同时降下长旒旗。有些国家海军舰长乘舢板或小汽艇至外国军舰访问时，舢板或小汽艇艇首也悬挂长旒旗。
通信旗，是以各种不同样式和颜色的旗帜表示字母、数码和某种特定意义，用于舰船间、舰船与陆地间通信联络。
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